欲戴王冠，必承其重，有着如此美好前景的飞行汽车自然也不例外。飞行汽车的发展首先要面对的就是政策限制。
据我国《无人驾驶航空器飞行管理暂行条例（征求意见稿）》显示，轻至0.25kg，重至150kg以上的无人机，都受其管辖，且最大起飞重量超过150千克即被划分为大型无人机类别。这表明了，实际上不属于“汽车”范畴的“飞行汽车”，并不适合用于现有的地面交通系统、法规。
没有规矩不成方圆，飞行汽车在政策方面还有很长的路要走。飞行汽车想要“自由”飞行，必须在相关飞行政策制定和出台后，通过有关部门的审批才行。然而现阶段的“飞行汽车”产品能否根据“空载—载物—载人”的顺序顺利推进，满足国内适航管理规定下取得适航证、取得经营许可，目前都处于未知状态。
另一方面，飞行汽车的制造难度大、使用的经济性也是掣肘飞行汽车发展的重要原因。由于飞行汽车的动力系统、控制系统、智能驾驶控制系统等系统技术要运用到地面行驶或天空飞行两种模式当中，不是地面行驶或天空飞行的单一模式可以相比的，其难度会是汽车行驶技术和飞机飞行技术的数倍。
飞行汽车的技术难度大的直接后果，就是导致了生态链成本无法控制。飞行汽车对轻量化材料需求大，对材料的耐热、耐腐蚀等性能要求较高，机身及零部件材料的选择严格且生产加工难度大等一系列因素，使得飞行汽车的物料成本难以降下，而当下主导研究飞行汽车的公司不多，生态链不成熟，同样导致成本无法控制，这就必将导致飞行汽车价格高昂。
目前各个飞行汽车的售价均在百万级以上。比如由荷兰PAL-V汽车公司开发制造的“先锋个人陆空汽车”（Pioneer Personal Air Landing Vehicle），订购价为59.9万美元，斯洛伐克AeroMobil飞行汽车不含税的价格在人民币940-1200万元。
可能存在着的隐私泄露及安全性的问题，也是一个飞行汽车难以跨过的槛。空中的飞行情况复杂，虽然有些飞行汽车有整车降落伞保驾护航，但安全性一样是未知数，飞行过程中可能存在的滥飞滥用，会导致个人隐私不安全的情形。因此，飞行汽车仍需要逐步完善第三方监督的功能，提高严格程度。
虽然飞行汽车还没有大规模投入市场，但对飞行汽车安全性的焦虑却从未停止。在上文提到的调查中，尽管许多人表示出对飞行汽车的兴趣，但表现出对新型交通工具的担忧的人更多。63%的受访者表示，非常担心乘坐飞行汽车的安全问题，20%的人表示中度担忧。
美国直升机安全协会（USHST）的数据表明，直升机坠机率在所有飞行器中最高，每10万小时发生3.72次坠机事故（2018年数据），直升机事故死亡率较低，每100000事故当事人中有1.3人死亡，低于固定翼的1.4。
但由于操纵的复杂性，直升机教学飞行的事故率是固定翼的两倍：每10万小时发生12.69起事故。而主流飞行汽车方案，参照的就是直升机。
在另一项研究当中，2.5％至6.5％左右的人口患有飞机搭乘恐惧症，根据这项研究，71％到73％的美国人担心自动驾驶汽车，超80％的美国人不会让孩子乘坐自动驾驶汽车。
